Menurut cerita para sesepuh desa yang telah berlangsung turun temurun, kata Kalijeruk berasal dari kata Kali dan Jeruk atau daerah yang terdapat banyak Kali (sungai) dan banyak ditumbuhi banyak pohon jeruk, menurut versi lain konon era jaman dahulu pernah ada Tokoh Sakti yang bernama Ki Wirataruna dan Wiramaya Wiramantri yang masing-masing punya sejarah dan cerita sendiri-sendiri yang diakui sebagai tokoh pendiri Desa Kalijeruk dan sekarang makam-nya menjadi panembahan makam Kalijeruk.

Desa Kalijeruk berdiri pada tahun 1857-an. Lokasi awal tempat bernama Kalijeruk berada di dalam area Perhutani tepatnya di Blok 70 pinggir Kali, kurang lebih 2KM tidak jauh dari desa Kalijeruk yang sekarang. Dahulu asal mula berdirinya Desa Kalijeruk terbentuk berpenduduk kurang dari 30 KK, barulah pada jaman modern pasca kemerdekaan penduduk mulai berkembang dan bertambah dari berbagai daerah lain seperti Banyumas, Kebumen, Jogjakarta. Lalu terbentuk dusun-dusun atau Kepala, dan Desa Kalijeruk di bagi menjadi 4 Dusun yaitu : Dusun Cilemba, Dusun Cibogo, Dusun Tegalanyar, dan Dusun Kubang.